新版高新技術企業認定管理辦法中相比2008版，主要在認定條件和程序進行改動。

1、不再要求大專以上比例符合30%；

2、研發投入比例只以2億元為分界線，2億元以上為3%，2億元以下為4%；

3、明確了企業高新技術產品或者服務需明確關鍵技術和技術指標的證明材料，提到了需要提供生產批文、行業認證、資質證書及產品質量檢驗報告等材料；

4、財務年度審計需包括完整的會計報表、會計報表附注及財務情況說明；

5、增加需提供近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。